目的:建立一种可靠、高效的胆汁样本纯化制备方法用于胆汁蛋白质组双向电泳差异分析。方法:采用梯度SDS-PAGE凝胶电泳的方法比较丙酮、丙酮:甲醇混合液及丙酮:甲醇:磷酸三丁酯混合液及非离子型脱脂剂(CleanasciteTM HC100)的脱脂效果,微量透析管及微量超滤管的脱盐效果及胶体考马斯亮蓝凝胶染色的灵敏度。采用双向荧光差异凝胶电泳比较本组方法与2D-Clean-up Kit对胆汁样本的纯化处理效果。结果:三种沉淀脱脂方法中以丙酮沉淀法效果最佳;非离子型脱脂剂的脱脂效果理想且蛋白回收率高于前者(52.6%比43.7%)。透析法与超滤法脱盐效果均理想,后者耗时短且可以实现蛋白浓缩。胶体考马斯亮蓝染色的灵敏度为10ng。本组方法及2D-Clean-up Kit纯化处理后的胆汁样本均可获得理想的双向电泳图谱,二者分别分离到854和615个蛋白质点。结论:本研究建立了可靠、高效的胆汁样本纯化制备方案,经其处理后的胆汁样本能够满足凝胶双向电泳分析对样本的要求。