灰树花菌丝体与原基转录组差异表达分析

王伟科, 周祖法, 陈青, 袁卫东

Analysis of Differentially Expressed Genes between Mycelium and Primordium of Grifola frondosa

Wei-ke WANG, Zu-fa ZHOU, Qing CHEN, Wei-dong YUAN

表2 两个样本中标签分布一览表

Tab.2 Distributions of tags from two libraries

数据产出及比对 Data output and comparison 菌丝体 Mycelium 原基 Primordium 原始序列标签 Rawreads 35913116 32873980 高质量测序标签 Cleanreads 35788532 32755254 未比对上的标签 Unmapped reads 9028139 7574132 非唯一比对位置标签 Mapq<mapq_cut(non-unique) 4665894 3623751 唯一比对位置标签 Mapq>=apq_cut(unique) 22085081 21547780 第一端测序标签 Read-1 11010040 10756337 第二端测序标签 Read-2 11075041 10791443 比对到基因组上正列 Reads map to‘+’ 10981873 10704107 比对到基因组上负列 Reads map to‘-’ 11103208 10843673 整段比对到外显子的序列 Non-splice reads 22061957 21537230 分段比对到两个外显子上的序列 Splice reads 23124 10550 双端测序序列定位到基因组上相对 的距离符合测序片段的长度分布 Eads mapped in proper pairs 19597840 19326088