目的:建立侵袭性感染丝状真菌的分子鉴定方法。方法:收集上海市公共卫生临床中心于2007年12月至2009年3月间分离的侵袭性感染丝状真菌26株,用真菌通用引物Its1和Its4采用聚合酶链反应(PCR)扩增核糖体RNA基因序列,对PCR产物进行DNA序列测定,确定丝状真菌的菌种。结果:26株侵袭性感染丝状真菌中鉴定出黄曲霉5株,马内菲青霉4株,土曲霉、草酸青霉各3株,烟曲霉、禾谷镰刀菌各2株,日本曲霉、沙门柏干酪青霉、轮枝菌、塔宾曲霉、小麦壳针孢菌、球毛壳菌、李氏木霉各1株。结论:使用真菌核糖体RNA基因序列分析可快速明确传统方法难以鉴定的丝状真菌菌种。