诊断学理论与实践 ›› 2005, Vol. 4 ›› Issue (03): 192-196.doi: 10.16150/j.1671-2870.a1885

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弥漫型胃癌基因表达谱聚类分析

张晓青,杨燕青,刘炳亚,金晓龙,李炜,张庆华,林言箴,朱正纲   

  1. 上海第二医科大学附属瑞金医院消化外科研究所,生物芯片国家工程中心上海中心上海生物芯片有限公司,上海第二医科大学附属瑞金医院消化外科研究所,上海第二医科大学附属瑞金医院病理科,上海第二医科大学附属瑞金医院消化外科研究所,生物芯片国家工程中心上海中心上海生物芯片有限公司,上海第二医科大学附属瑞金医院消化外科研究所,上海第二医科大学附属瑞金医院消化外科研究所 上海200025 ,上海201203 ,上海200025 ,上海200025 ,上海200025 ,上海201203 ,上海200025 ,上海200025
  • 出版日期:2005-06-25 发布日期:2005-06-25

  • Online:2005-06-25 Published:2005-06-25

摘要: 目的:从转录组水平识别弥漫型胃癌与正常胃黏膜间的基因表达差异,探讨胃癌分子发生、发展的机制。方法:收集22例弥漫型胃癌患者的胃癌组织及其相应远切端的正常胃黏膜。采用含14592个点的cDNA表达谱芯片建立胃癌基因表达谱。差异表达基因筛选标准为该基因在50%以上样本中肿瘤比正常组织荧光强度大2倍或以上(P<0.05)。采用系统聚类、方差分析(P<0.05)等方法进行差异表达分析,实时定量RT-PCR方法验证芯片结果。结果:胃癌组织与正常胃黏膜间的差异表达基因共357个,其中表达上调者153个;表达下调者204个。上调基因的功能主要与细胞骨架运动、基质重建和细胞黏附、细胞周期调控及信号传导相关;下调基因主要与消化功能、细胞免疫防御、代谢、凋亡抑制及电子传递相关。实时定量PCR验证结果与芯片结果一致。结论:运用cDNA芯片进行弥漫型胃癌基因表达谱分析,有助于从分子水平全方位理解弥漫型胃癌发病机制及生物学特性,也有助于发现新的分子诊断指标和基因治疗靶标。

关键词: 弥漫型胃癌, cDNA微阵列, 基因表达谱, TNM分期

Key words: Diffuse-type gastric carcinoma, cDNA microarray, Gene expression profile, TNM stage