外科理论与实践

外科理论与实践 ›› 2006, Vol. 11 ›› Issue (06): 514-518.doi: 10.16139/j.1007-9610.a1716

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胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

于颖彦, 计骏, 潘玉申, 刘炳亚, 朱正纲, 林言箴,   

  1. 上海交通大学医学院附属瑞金医院外科上海消化外科研究所,上海交通大学医学院附属瑞金医院外科上海消化外科研究所,上海交通大学医学院附属瑞金医院外科上海消化外科研究所,上海交通大学医学院附属瑞金医院外科上海消化外科研究所,上海交通大学医学院附属瑞金医院外科上海消化外科研究所,上海交通大学医学院附属瑞金医院外科上海消化外科研究所 上海200025,上海200025,上海200025,上海200025,上海200025,上海200025
  • 发布日期:2020-07-25

  • Published:2020-07-25

摘要： 目的:研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法:从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及5'端转录起始点上、下游各3,000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果:IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3'端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃粘膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论:IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。

关键词: 胃肿瘤, 基因, IRX1, 基因表达, 生物信息学

Key words: Gastric carcinoma, IRX1, Homeobox gene, Expression, Bioinformatics