内科理论与实践

内科理论与实践 ›› 2007, Vol. 2 ›› Issue (04): 252-255.doi: 10.16138/j.1673-6087.a1059

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生物信息学解读丙型肝炎病毒结构与免疫病理学改变的关联性

于颖彦, 计骏, 孔晓飞,   

  1. 上海交通大学医学院附属瑞金医院消化外科研究所及器官移植中心病理室,上海交通大学医学院附属瑞金医院消化外科研究所及器官移植中心病理室,上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科 上海200025,上海200025,上海200025
  • 发布日期:2020-07-25

  • Published:2020-07-25

摘要： 目的:分析丙型肝炎病毒(HCV)基因组编码序列结构特征及蛋白同源性,预测HCV非结构蛋白(NS)3序列的抗原表位。方法:以Envision免疫组织化学两步法检测肝移植受体肝组织内HCV抗原。从美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中获取HCV编码序列,利用RPS-BLAST蛋白同源性比对软件进行序列分析;ProPred-Ⅰ软件预测NS3编码区段的T细胞抗原表位。结果:37%的受检病例肝细胞核对Tordji-22单克隆抗体起反应,33.3%的受检病例肝细胞核或细胞质对NS3抗体起反应。HCV编码产物HCV糖蛋白(gp)1的NS3区为保守区,与多种人类解旋酶具有同源性;其余各编码区未检测到与人类同源性。NS3区显示有CD4+和CD8+T细胞表位。结论:HCV NS3区含有与人类解旋酶同源的保守序列。解旋酶在细胞核参与核酸复制与DNA修复,故针对HCV NS3的抗原检测有可能与人类解旋酶起交叉反应。NS3的抗原表位特征可能是机体抗病毒同时破坏自身肝脏结构的分子基础。

关键词: 丙型肝炎病毒, 编码蛋白, 生物信息学, 抗原表位, 非结构蛋白3

Key words: Hepatitis C virus, Encoding proteins, Bioinformatics, Antigenic epitope, Non-structural protein 3